Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Buton, bekerjasama dengan Kementrian Agama Kota Baubau, dalam bidang Tridarma, yakni Bidang Pendidikan dan Pengajaran, Bidang Penelitian dan Bidang Pengabdian Masyarakat.
Kerja sama ini ditandai dengan Penandatanganan MOU antara Dekan Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Buton dengan Kepala Kantor Kementrian Agama Kota Baubau, pada Hari Jumat, Tanggal 25 September 2020, yang berlangsung di Kantor Kementrian Agama Kota Baubau.
Dengan kerjasama ini diharapkan dapat terbangun hubungan baik antara Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Buton dengan Kementrian Agama Kota Baubau sebagai Stakekholder, sehingga:
Dalam Bidang Pendidikan dan Pengajaran: Fakultas Agama Islam dapat merevisi Kurikulum dan menyesuaikannya dengan kebutuhan Stakekholder, sehingga setiap Lulusan Program Studi Lingkup Fakultas Agama Islam, baik Alumni Program Studi "Pendidikan Agama Islam", maupun Program Studi "Ahwal Al-Syakhshiyyah" sesuai dengan kebutuhan Stakekholder.
Dalam Bidang Penelitian: Fakultas Agama Islam bekerjasama dengan Kementrian Agama Kota Baubau dalam BidangPenelitian, baik yang berkaitan dengan Pendidikan Islam maupun Hukum Islam
Dalam Bidang Pengabdian Masyarakat: Fakultas Agama Islam bekerjasama dengan Kementrian Agama Kota Baubau untuk melakukan Pengabdian Kepada Masyarakat, antara lan: Pelaksanaan Safari Ramadhan, Pembinaan Majelis Taklim dan pembinaan keagamaan lainnya.
